种植抗病品种，比如川蔗7号、川蔗11号、新台糖9号等。
与其它作物进行轮作，比如水稻、玉米等品种。种植时，合理搭配使用氮磷钾肥料。
种植前，用热水浸种一段时间，并搭配25%三唑酮可湿性粉剂500倍液等药物做消毒处理。
发现病株时，用塑料袋包裹黑穗并切除，再带到种植地外面烧毁。
一、甘蔗黑穗病的防治方法
1、选择新台糖1号、新台糖9号、新台糖10号、川蔗7号、川蔗11号、华南56/12等抗病能力较强的品种进行种植。
2、尽可能与水稻、玉米、花生、苜蓿、甘薯等作物进行轮作，防止重茬。
3、底肥施足，并注意氮、磷、钾肥料的使用比例。
4、种苗使用52℃的热水浸种18-30分钟左右，或者是使用50℃的热水浸种30-分钟至2个小时左右，并且最好是搭配25%三唑酮可湿性粉剂500倍液，或50%克菌丹可湿性粉剂500倍液，或80%喷克可湿性粉剂 500倍液一起浸种，效果更佳。也可以使用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液浸种5-7分钟，或使用3%石灰水浸种24小时，或使用43%福尔马林100倍液浸种5分钟，然后用薄膜覆盖闷种2小时左右。
5、发现黑穗时，用塑料袋将黑穗包裹住，并且捆好，然后将黑穗割除，带出甘蔗田，集中焚毁。
二、如何防治甘蔗梢腐病
1、危害症状
（1）甘蔗梢腐病植株叶部染病幼叶基部缺绿黄化，较正常叶狭窄，叶片显著皱褶、扭缠或短缩。病叶老化后，病部现不规则红点或红条。
（2）有的变红组织形成不规则的眼形或菱形穿孔，有的形成边缘带暗褐色排列成梯形的病斑，叶缘、叶端也形成暗红褐色至黑色不规则形病斑，有的叶片展开受阻顶端出现打结状。
（3）叶鞘染病生有红色坏死斑或梯形病斑。梢头染病纵剖后具非常多深红色条斑，节部条斑呈细线状，有的节间形成具横隔的长形凹陷斑似梯状。
（4）病部发生在茎的一侧时，造成蔗茎弯曲。发病最严重时形成梢腐，生长点周围组织变软、变褐，心叶坏死，使整株甘蔗枯死。
2、发病条件
（1）病株及腐生在土表的植株残体上的病菌，随气流传播蔓延，分生孢子落在梢头心叶上，遇有适宜的条件即萌发侵入甘蔗幼嫩叶片。
（2）病部产生分生孢子进行再侵染。蔗田高温高湿或久旱遇雨或灌水过多易发病。氮肥不足、植株生长瘦弱或偏施、过施氮肥，植株组织柔嫩，生长过快发病重，粤糖54/176、粤糖57/423、顺糖66/166较感病。
3、防治技术
（1）选用桂糖57/624、粤糖63/237等抗病品种。
（2）提倡施用酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟有机肥，采用配方施肥技术，注意氮磷钾合理搭配施用，防止偏施、过施氮肥。
（3）修整好排灌系统，及时排除积水。
（4）加强管理，及时剥去老叶，清除无效分蘖，挖除病株。
（5）重病区在发病初期喷洒1:1:100倍式波尔多液或30%绿得保悬浮剂500倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1000-1200倍液，隔7-10天一次，连续防治3-4次。
